データの解析方法 1coreしか使ってくれないclassify-consensus-blastを並列実行して早くする 2023年5月13日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA お題の通り、1coreしか使ってくれないQIIME2のconsensus BLASTをスピードアップするために並行実行するように工夫したよ …
データの解析方法 NCBI 16s rRNAのBLAST DBを複数階級の情報をもつ形式に変換してqiime2の系統解析で使いやすいようにする 2023年4月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA きっかけ NCBIのFTPサイトで提供されている塩基配列データは以下のような形式になっています。 >NR_025636 …
データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
データの解析方法
