遺伝子関連データベース・検索システム・リソース

遺伝子情報やアミノ酸、タンパク質などの配列情報は日々蓄積されています。ここでは塩基配列には限定せず、様々な用途に使用される公共データベース、検索システム、バイオリソースについてまとめています。

この記事の内容

文献を検索する

Semantic ScholarはAIを活用した科学的な文献探索ツール。引用数や影響度での文献ソートやPDFの有無でのフィルタリング検索も可能。Chromeの拡張機能を使うと簡単に論文検索が実施できる。
LINK : https://www.semanticscholar.org/

Ensembleはゲノム解読された真核生物を対象に自動アノテーションを行い、データベースとして公開。相同性検索やデータのダウンロードなども可能
LINK：https://www.ensembl.org/index.html?redirect=no

GenbankはNIH遺伝子配列データベース。2ヶ月ごとのリリースはftpサイトから入手可能
LINK：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/

Fishbaseは、魚類に関する情報を包括的に収集しているデータベース
LINK：https://fishbase.net.br/search.php

BOLD(Barcode of Life Data)は真核生物の遺伝子データに形態情報や分布データなどを組み合わせたデータベースリポジトリ
LINK：http://www.boldsystems.org/

MitoFishは魚類のミトコンドリアゲノム情報を検索可能なデータベース。サイト内でBLASTが可能
LINK：http://mitofish.aori.u-tokyo.ac.jp/

NCBIは遺伝子関連の各種データベースに対する検索が可能な検索システム
LINK：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

GTDBはBacteriaとArchaeaに属する生物の分類情報を提供するゲノム分類データベース。分類法は普遍的なSingle copy-proteinsから推定した系統推定
LINK：https://gtdb.ecogenomic.org/

SILVAは細菌、古細菌、真核生物について16S/18S, 23S/28S rRNA配列の包括的かつキュレーションデータベースを提供
LINK：https://www .arb-silva.de/

RDPはリボソームデータベースプロジェクトの略称。細菌、古細菌の16s rRNA、真菌の28s rRNAシーケンスのデータベースと分析ツールを提供
LINK：http://rdp.cme.msu.edu/

GreengenesはGTDBでも適用されているような系統学的分類法により精選された、細菌、古細菌の16s rRNAシーケンスのデータベース。Greengenes2が2022年にプレプリントで公開されている
Greengene, Greengene2 ：http://ftp.microbio.me/greengenes_release/
QIIME2 format GG2 : https://github.com/biocore/q2-greengenes2/

DRAはシーケンスの生データトアライメント情報のアーカイブサイト。
LINK：https://www.ddbj.nig.ac.jp/dra/index.html

DDBJはアノテーションが付与されたゲノム、遺伝子、転写産物の塩基配列データベース
LINK：https://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbj/index.html

DOI : https://youtu.be/lhKqDSFuQ-k (DDBJ, SRAについて)

GGGenome(ゲゲゲノム)は様々な生物種のゲノムや転写産物情報を高速に検索することのできるツール
LINK：http://gggenome.dbcls.jp/
GitHub : https://github.com/meso-cacase/GGGenome

GGRNAは遺伝子をGoogleのように検索できるサイト。NCBI RefSeq の transcript を全文検索可能
LINK：https://ggrna.dbcls.jp/
GitHub : https://github.com/meso-cacase/GGRNA

DOI : https://youtu.be/KxohXPUG7yM (GGGenome, GGRNAについて)

MicrobeDBはゲノム情報を中心に遺伝子や系統、環境など様々なデータが統合されているwebサイト。
LINK：https://microbedb.jp/

OrthoDBはオルソログ情報に関するデータベースサイト
LINK：https://www.orthodb.org/

BioCYCは、生物固有のPathway/Genome Databasesで、生物のゲノムと代謝パスウェイ情報を提供
LINK：https://biocyc.org/

Plant GARDENは植物のゲノムポータルデータベースサイト
LINK：https://plantgarden.jp/ja/index

CARD(Comprehensive Antibiotic Resistance Database)は抗菌剤耐性遺伝子やタンパク質及び表現型に関する包括的なデータベース。
LINK：https://card.mcmaster.ca/
Paper : https://academic.oup.com/nar/article/51/D1/D690/6764414?login=false

VFDB(virulence factor database)は細菌性病原体の病原性因子に関するデータベース。
LINK：http://www.mgc.ac.cn/VFs/
Paper : https://academic.oup.com/nar/article/50/D1/D912/6446532

ResFinderは細菌の DNA 配列全体または一部における、獲得遺伝子の同定や、抗菌薬耐性を媒介する染色体変異を検出をサポートするwebツール & データベース
LINK：https://cge.food.dtu.dk/services/ResFinder/
Paper : https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/mgen/10.1099/mgen.0.000748

MEGAResは手作業でキュレーションされたおおよそ9,000の抗菌耐性遺伝子の配列データを持つデータベース
LINK：https://www.meglab.org/#megares
Paper : https://academic.oup.com/nar/article/51/D1/D744/6830666