データの解析方法 1coreしか使ってくれないclassify-consensus-blastを並列実行して早くする 2023年5月13日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA お題の通り、1coreしか使ってくれないQIIME2のconsensus BLASTをスピードアップするために並行実行するように工夫したよ …
データの解析方法 NCBI 16s rRNAのBLAST DBを複数階級の情報をもつ形式に変換してqiime2の系統解析で使いやすいようにする 2023年4月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA きっかけ NCBIのFTPサイトで提供されている塩基配列データは以下のような形式になっています。 >NR_025636 …
データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
日記 サンプリング日和 2022年4月12日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 最近は日中の気温も20度を超えて、生き物の活動も肌で感じる事が出来る楽しい季節がやってきましたね。 今日、新規で仲間に加わってくれた人に、サンプリングから結果出しまでを体験 …
バイオインフォマティックス aria2とpigzでNCBI ntのBlastDBを作成する 2022年3月26日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 手元のPCでntデータベースを使用する機会があり、その際、時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。 第2世代シーケ …
論文 水棲昆虫のDNAメタバーコーディング用プライマーセットの開発 2022年1月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 水生昆虫のDNAメタバーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見Development of novel …
バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part2 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと Part1ではBaseSpace Sequence Hub CLIを利用して、ネット経由でRunデ …
バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part1 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと 上記図はIlluminaシーケンサーから得られたbclファイルに対して、処理を加えていき最終的にデ …
データの解析方法 SRA-toolkitを使ってシーケンスファイルを取得する 2021年7月29日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 自分が扱ったことのない分析機器で分析されたデータを解析してみたいなと思うことありませんか？ やっぱり、所属機関にある分析機器にも制限 …
バイオインフォマティックス PythonでSummary tableから配列情報を抽出してFasta形式に変換する 2021年7月17日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA データ処理してると下記のような各地点で検出された配列とそれに対応するリード数が記載された状態のファイルを目にすることがあると思います。よく …
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