環境DNA分析で使われる技術について、論文の解説記事や実際に実験した記事などをまとめてきます。
論文については以下の記事に大まかにはまとめてあるので、さっと目を通す程度であればこちらを参考にしてください。
この記事の内容
採水
環境DNAのサンプリングは、どこで採るか、どのようにして採るか、どのくらいの量採るか、などがきっちりと決まっているわけではありません。おおよそマニュアルに書いてある通りにすれば良いのですが、実際現場に立つと色々と疑問が出てくると思います。そんな時にあんなことが検証されていたな、など現場の手助けになるような記事をまとめていきます。
論文 (記事作成まで..)
- An illustrated manual for environmental DNA research: Water sampling guidelines and experimental protocols
(環境DNAによる調査のための図付きマニュアル：採水のガイドラインと実験プロトコル)
ろ過・抽出
サンプリングを主にされている方は、実際にろ過・抽出の工程でどのようなことをしているのか一番気になる部分だと思います。どのような検証がなされてきたのか、どんな技術があって使えそうなのかなどを解説した記事をまとめていきたいと思います。
分析
特定種に絞った検出
環境DNAを用いた種の検出には、1種のみを対象とした種特異的検出と1分類群を対象とした網羅的検出(メタバーコーディング)があります。その中で種特異的検出に関する代表的な記事をまとめていきます。
現在作成中…
複数種の網羅的な検出(メタバーコーディング)
ここでは、魚類や哺乳類、甲殻類など1つの分類群レベルでの検出を目的としたメタバーコーディングと呼ばれる検出法に関する代表的な記事をまとめていきます。
魚類の網羅的な検出
哺乳類の網羅的な検出
甲殻類の網羅的な検出
鳥類の網羅的な検出
作成中…
無脊椎動物の網羅的な検出
Environmental DNA Journalより論文が発表されていました。こちら(Leese et al.2020)から見ることができます。
水生昆虫の網羅的な検出系の作成
プライマーの設計・確認
プライマーを作ってい特定の種を検出したい場合や、業者に頼んでプライマーを作ってもらったがどのように設計されているのか確認したいなどの場合があると思います。
そんな時に自分で確認できる知識と技術を身に着けておくことは大切です。そのための手助けのつもりで解説記事などをまとめていきます。
現在作成中…
環境DNAを使ったバイオマスの評価
生物を採らなくてもどの程度の量が生息しているのか把握できる。。なんてことは今は難しいですがこの課題に取り組んでいる研究は沢山あります。代表的な論文や学会発表など、知見を深めるための情報・記事をまとめていきます。
現在作成中…
解析
環境DNAのデータ解析
採水して試料を分析したら次はデータの解析が必要です。論文中で使われている解析法や比較論文などの解説記事をまとめていきます。
Web版 MiFishパイプラインによる解析
新しいMiFishパイプラインPMiFish v2.4.1
便利ツール
あったら便利だなと思うようなものが作れたり、見つけたりした際に作成した記事をまとめていきます。
種名と和名の対応表
魚類 (出典元 : 鹿児島大学総合研究博物館)
メタバーコーディングプライマー
メタバーコーディングプライマーの情報はまとまっていると非常に使い勝手がいいので、オープンソースのものを中心に調べれば出てくるものについてまとめています。
プライマーの確認等に使うもの
- プライマーセットがどの種のDNAを増幅するか確認 (Primer blast)
- Reverse complement
(混合塩基が含まれているプライマーはこちらで実行) - 混合塩基確認
- 解像度確認 (BLASTn)
- 簡単なTmの確認
(Primer blastとアルゴリズムが異なるため出力されるTm値が異なることに注意)
プライマーが対象分類群・種のDNAを増幅するかの簡易的な確認
- rDoAMP (https://github.com/ong8181/rDoAMP)
随時追加していきます。この他にも要望があればまとめます。お気軽にコメント・お問い合わせください。
