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論文

環境DNA論文 2020年6月

今年の梅雨は長引きそうですね。雨の中の調査に出られる方はくれぐれもお気を付けください。@しばた

環境DNA論文 2020年7月 中旬現在

5月の論文まとめに引き続き、今回は6月に公開された19本の環境DNA論文を紹介します。

先月の論文一覧は以下を参照ください。

https://edna-blog.com/paper/環境dna論文-2020年5月/

魚類個体群の豊富さを評価するためのツールとしての環境DNAの応用

Application of eDNA as a tool for assessing fish population abundance
Spear et al.2020(OA)

Two Ocean Pass: イエローストーン湖におけるレイクトラウトの侵入に関する代替仮説と将来の侵入への示唆

Two Ocean Pass: An Alternative Hypothesis for the Invasion of Yellowstone Lake by Lake Trout, and Implications for Future Invasions
Koel et al.202(OA)

草食の検出:葉の摂食痕からの環境DNAの検出

Detection of herbivory: eDNA detection from feeding marks on leaves
Aoi et al.2020(OA)

日本語プレスリリース(神戸大学)

ザリガニの死骸が検出可能な環境DNA(eDNA)を生成するという証拠はない

No evidence that crayfish carcasses produce detectable environmental DNA (eDNA) in a stream enclosure experiment
Curtis et al.2020(OA)

環境DNAメタバーコーディングにより明らかになった水生昆虫群集構造は環境評価の指標となる

Aquatic insect community structure revealed by eDNA metabarcoding derives indices for environmental assessment
Uchida et al.2020(OA)

ハイブリッドゾーンの研究を拡大するための環境DNAの活用

Leveraging eDNA to expand the study of hybrid zones
Stewart et al.2020(OA)

機械学習を用いた複数のストレス要因に対する河川の生態状態応答のモデル化: 環境DNAメタバーコーディングと形態学的データの比較

Modeling the ecological status response of rivers to multiple stressors using machine learning: A comparison of environmental DNA metabarcoding and morphological data
Fan et al.2020(-)

環境DNA調査の標準化・能力向上のための道筋(PISCeS)-環境DNA分野における標準化・共同研究の推進

Pathway to Increase Standards and Competency of eDNA Surveys (PISCeS)—Advancing collaboration and standardization efforts in the field of eDNA
Loeza-Quintana et al.2020(OA)

中央ヨーロッパの広範な生息地における環境DNAサンプルからの在来ザリガニと侵入ザリガニおよびAphanomyces astaciの同時検出

Simultaneous detection of native and invasive crayfish and Aphanomyces astaci from environmental DNA samples in a wide range of habitats in Central Europe
Rusch et al.2020(OA)

魚類の環境DNAメタバーコーデングの評価法はタツノオトシゴ属の検出を容易にする

Development and evaluation of fish eDNA metabarcoding assays facilitate the detection of cryptic seahorse taxa (family: Syngnathidae)
Nester et al.2020(OA)

環境DNAの定量データと流体モデルの統合による魚類個体数の推定

Estimating fish population abundance by integrating quantitative data on environmental DNA and hydrodynamic modeling
Fukaya et al.2020(-)

日本語プレスリリース
汲んだ水から魚を数える -環境DNA分析による個体数の推定法を実証-

環境DNAを用いてオオヒキガエル(Rhinella marina)の新生息地への到達を検出可能か?

Can environmental DNA be used to detect first arrivals of the cane toad, Rhinella marina , into novel locations?
Villacorta-Rath et al.2020(OA)

フミン酸リッチな水棲生態系における環境DNAとデジタルPCRを用いた魚類の個体数推定法の開発

Droplet digital PCR applied to environmental DNA, a promising method to estimate fish population abundance from humic‐rich aquatic ecosystems
Capo et al.2020(OA)

従来のメトリクスと対話型ネットワークを用いた複数分類群の環境DNAによる生態学的評価の実行

Executing multi-taxa eDNA ecological assessment via traditional metrics and interactive networks
Seymour et al.2020(-)

実験室環境におけるFantail Darter(Etheostoma flabellare)の密度を決定するための環境DNAの利用: バイオマスとろ過方法の効果

Use of Environmental DNA to Determine Fantail Darter (Etheostoma flabellare) Density in a Laboratory Setting: Effects of Biomass and Filtration Method
Guivas et al.2020(OA)

Kirhland's Snake(Clonophis kirtlandii)を検出するための環境DNAの探索

Exploration of Environmental DNA (eDNA) to Detect Kirtland’s Snake (Clonophis kirtlandii)
Ratsch et al.202(OA)

港付近に生息する外来種と有害種をプラスチックや繊維質の海洋ごみ由来の環境DNAから検出する

Environmental DNA from plastic and textile marine litter detects exotic and nuisance species nearby ports
Ibabe et al.2020(OA)

凝集による水試料からの環境DNAの捕集

Capture of Environmental DNA (eDNA) from Water Samples by Flocculation
Schill et al.2020(-)

新規開発の種特異的プライマーセットを用いた環境DNA解析による絶滅の危機に瀕するドジョウ(Parabotia curtus)の空間的・時間的発生パターン解析

Characterizing the spatial and temporal occurrence patterns of the endangered botiid loach Parabotia curtus by environmental DNA analysis using a newly developed species-specific primer set
Sugiura et al.2020(-)

まとめと感想

国立環境研究所 深谷肇一さんの研究チームが公開した論文「環境DNAの定量データと流体モデルの統合による魚類個体数の推定」は、水を空くだけで個体数が分かるの?という皆さんが持つ疑問を将来的に解消できる可能性を示してくれています。

京都大学の工藤 葵さんの研究チームが公開した論文「草食の検出:葉の摂食痕からの環境DNAの検出」は農業や希少植物の食害、ネットワーク解析なんかに使えそうですね。

水棲昆虫を対象に環境DNAで多様性を評価した論文「環境DNAメタバーコーディングにより明らかになった水生昆虫群集構造は環境評価の指標となる」は脊椎動物のバーコーディングによく使われるCOIプライマーを使用して、シングルエンド(NGSで読んだ1本鎖DNA配列のフォワードとリバース側から読んだ配列をペアにして配列の読み取り精度をあげる処理をしない方法)の配列のみでも水棲昆虫の多様性評価には使えることを日本の河川で検証しています。

過去に水棲昆虫を対象とした環境DNAの適用は現 山梨大学の八重樫 咲子さんの和文誌「河川水中の環境DNAの次世代シーケンス解析を利用した水生昆虫の群集構造および生息個体数推定の可能性:従来型定量評価手法と比較して」などがあり、環境DNAで検出・多様性の評価ができる分類群が増えてきています。

検出精度やサンプリング方法などを分類群によって変える必要はあると思うので、これからはその検証が進んでくと実用化がより一層進んでいくのではないでしょうか。

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