バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part2 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと Part1ではBaseSpace Sequence Hub CLIを利用して、ネット経由でRunデ …
バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part1 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと 上記図はIlluminaシーケンサーから得られたbclファイルに対して、処理を加えていき最終的にデ …
データの解析方法 SRA-toolkitを使ってシーケンスファイルを取得する 2021年7月29日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 自分が扱ったことのない分析機器で分析されたデータを解析してみたいなと思うことありませんか？ やっぱり、所属機関にある分析機器にも制限 …
バイオインフォマティックス PythonでSummary tableから配列情報を抽出してFasta形式に変換する 2021年7月17日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA データ処理してると下記のような各地点で検出された配列とそれに対応するリード数が記載された状態のファイルを目にすることがあると思います。よく …
環境DNAの注意点 Sterivexを使用した環境DNAの抽出・精製の改良プロトコルについて Part1 2021年7月10日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 先日開催された土木研究所主催の共同研究報告会にてこの論文を初めて知りました。技術的にとても面白い内容だったので解説したいと思います。 …
環境DNA分析 頭足類の環境DNA分析のための核18SrRNA領域を対象とした新しいメタバーコーディングプライマー 2021年6月5日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis …
バイオインフォマティックス pythonの環境構築とその他もろもろについての覚え書き 2021年3月20日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA pythonの環境について pythonを使うことが多くなってきました。初心者にも取り組みやすいプログラミング言語だなと実感しながら …
バイオインフォマティックス Biopythonを使ってDNA配列をダウンロード 2021年2月27日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA やりたいこと Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで …
データの解析方法 メタバーコーディングのサポート機能として開発されたmitohelperの使用感について 2021年2月23日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Mitohelper：魚類の環境DNA研究のためのミトコンドリア参照配列分析ツール この記事でやりたい事と目的 Mit …
バイオインフォマティックス BiopythonによるNCBIからの情報取得 2021年1月24日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。 やりたいこと …
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