データの解析方法 1coreしか使ってくれないclassify-consensus-blastを並列実行して早くする 2023年5月13日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA お題の通り、1coreしか使ってくれないQIIME2のconsensus BLASTをスピードアップするために並行実行するように工夫したよ …
データの解析方法 NCBI 16s rRNAのBLAST DBを複数階級の情報をもつ形式に変換してqiime2の系統解析で使いやすいようにする 2023年4月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA きっかけ NCBIのFTPサイトで提供されている塩基配列データは以下のような形式になっています。 >NR_025636 …
データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
バイオインフォマティックス aria2とpigzでNCBI ntのBlastDBを作成する 2022年3月26日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 手元のPCでntデータベースを使用する機会があり、その際、時短に貢献してくれたツールについて備忘録を残しておきます。 第2世代シーケ …
バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part2 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと Part1ではBaseSpace Sequence Hub CLIを利用して、ネット経由でRunデ …
バイオインフォマティックス ネット経由でIlluminaシーケンスサーのデータをダウンロードしてからwindows PCでbcl2fastqを動かしたい Part1 2021年12月1日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 全体を通してやりたいこと 上記図はIlluminaシーケンサーから得られたbclファイルに対して、処理を加えていき最終的にデ …
データの解析方法 SRA-toolkitを使ってシーケンスファイルを取得する 2021年7月29日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 自分が扱ったことのない分析機器で分析されたデータを解析してみたいなと思うことありませんか？ やっぱり、所属機関にある分析機器にも制限 …
バイオインフォマティックス PythonでSummary tableから配列情報を抽出してFasta形式に変換する 2021年7月17日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA データ処理してると下記のような各地点で検出された配列とそれに対応するリード数が記載された状態のファイルを目にすることがあると思います。よく …
バイオインフォマティックス pythonの環境構築とその他もろもろについての覚え書き 2021年3月20日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA pythonの環境について pythonを使うことが多くなってきました。初心者にも取り組みやすいプログラミング言語だなと実感しながら …
バイオインフォマティックス Biopythonを使ってDNA配列をダウンロード 2021年2月27日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA やりたいこと Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで …
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