データの解析方法 1coreしか使ってくれないclassify-consensus-blastを並列実行して早くする 2023年5月13日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA お題の通り、1coreしか使ってくれないQIIME2のconsensus BLASTを早くするために並行実行するように工夫したよ。という記 …
データの解析方法 NCBI 16s rRNAのBLAST DBを複数階級の情報をもつ形式に変換してqiime2の系統解析で使いやすいようにする 2023年4月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA きっかけ NCBIのFTPサイトで提供されている塩基配列データは以下のような形式になっています。 >NR_025636 …
データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
データの解析方法 SRA-toolkitを使ってシーケンスファイルを取得する 2021年7月29日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 自分が扱ったことのない分析機器で分析されたデータを解析してみたいなと思うことありませんか？ やっぱり、所属機関にある分析機器にも制限 …
データの解析方法 メタバーコーディングのサポート機能として開発されたmitohelperの使用感について 2021年2月23日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Mitohelper：魚類の環境DNA研究のためのミトコンドリア参照配列分析ツール この記事でやりたい事と目的 Mit …
バイオインフォマティックス BiopythonによるNCBIからの情報取得 2021年1月24日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。 やりたいこと …
データの解析方法
