最近忙しくブログの更新ができていませんでした。
ただ忙しい分検討は色々進めていて、ネタだけは貯まっています。
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山口大学でのセミナー発表の中で、抽出液のビーズ精製でDNA増幅阻害物質の影響を低減できることをお話ししました。
1st PCR後のDNA定量時に、想定している結果に対して、そうならなかった場合、この工程を加えると結果が大きく改善するというコンセンサスは私の中で取れつつあります(もちろん結果が改善しないサンプルもある)。
ですが、これは1st PCRをして、2本鎖DNAの定量をするまで阻害がかかってそうなのか分かりません。
また、このアプローチは阻害がかかっているであろうサンプルに対して、または、そのサンプルが含まれる依頼のサンプルでのみ実施しています。
だだ、これは少し主観的過ぎるとも思っています。
全部のサンプルに対してやっていない理由は以下の２点です。
- 作業・試薬コスト
- 阻害がないサンプルに対しての影響
1に関しては色々と目論見があり、またこれも取り組もうと思っています。
なにも考えず1回の作業でライブラリ調整などが終われば、あーだこーだと悩んで2回, 3回とする時より結果的にはコスト安にできるでしょう(人件費が高いのです..)。
そして、前回の次世代シーケンサーによるランで課題2について少し取り組んでみました。
難しい事は特になく、1回解析してしっかり魚類相が得られているサンプルに対して、処理の有無によって検出される魚類相が変わるのかの比較をしました。
結果はオープンにはできませんが、やってみた結論を言うと特に問題は無いという感じでした。
思いつきのサンプルなので2セットのサンプルしかなく統計解析もかけれていませんが、類似した魚類相でした。
リード数の比較はミスリードを引き起こしそうなので、量的な差異に関しては定量Miseq(定量的な環境DNAメタバーコーディング)を使う時にしてみたいなと思っています。
これがうまくいけば良い機器入れてもらって、私の作業コストを減らすことが出来ないかな。楽して出てきた良い結果をたくさん解析したいです。
