データの解析方法 1coreしか使ってくれないclassify-consensus-blastを並列実行して早くする 2023年5月13日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA お題の通り、1coreしか使ってくれないQIIME2のconsensus BLASTをスピードアップするために並行実行するように工夫したよ …
データの解析方法 NCBI 16s rRNAのBLAST DBを複数階級の情報をもつ形式に変換してqiime2の系統解析で使いやすいようにする 2023年4月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA きっかけ NCBIのFTPサイトで提供されている塩基配列データは以下のような形式になっています。 >NR_025636 …
データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
データの解析方法 SRA-toolkitを使ってシーケンスファイルを取得する 2021年7月29日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 自分が扱ったことのない分析機器で分析されたデータを解析してみたいなと思うことありませんか？ やっぱり、所属機関にある分析機器にも制限 …
データの解析方法 メタバーコーディングのサポート機能として開発されたmitohelperの使用感について 2021年2月23日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Mitohelper：魚類の環境DNA研究のためのミトコンドリア参照配列分析ツール この記事でやりたい事と目的 Mit …
データの解析方法 新しいMiFishパイプライン PMiFish v2.4 2020年12月31日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA PMiFish pipiline v2.4.1 Miya et al. 2020で使用されたASV法を採用した新しいMiFishパイ …
データの解析方法 環境DNAによる定量的な遺伝的多様性の評価 2020年6月8日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 大学の時に調査した内容が論文になったので、宣伝もかねてまとめていきます。今までの系統地理研究や遺伝的多様性の調査に役立つようにと頑張りました。 目次 遺伝的多様性と …
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