環境DNAの注意点 Sterivexを使用した環境DNAの抽出・精製の改良プロトコルについて Part1 2021年7月10日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 先日開催された土木研究所主催の共同研究報告会にてこの論文を初めて知りました。技術的にとても面白い内容だったので解説したいと思います。 …
環境DNA分析 頭足類の環境DNA分析のための核18SrRNA領域を対象とした新しいメタバーコーディングプライマー 2021年6月5日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA A novel metabarcoding primer pair for environmental DNA analysis …
バイオインフォマティックス pythonの環境構築とその他もろもろについての覚え書き 2021年3月20日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA pythonの環境について pythonを使うことが多くなってきました。初心者にも取り組みやすいプログラミング言語だなと実感しながら …
バイオインフォマティックス Biopythonを使ってDNA配列をダウンロード 2021年2月27日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA やりたいこと Entrezによるデータベース検索システムを使って配列情報を取得します。Entrezの検索システムは皆さんがNCBIで …
データの解析方法 メタバーコーディングのサポート機能として開発されたmitohelperの使用感について 2021年2月23日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Mitohelper：魚類の環境DNA研究のためのミトコンドリア参照配列分析ツール この記事でやりたい事と目的 Mit …
バイオインフォマティックス BiopythonによるNCBIからの情報取得 2021年1月24日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA Entrezと呼ばれるNCBIのデータベースからデータを取得するシステムをBiopythonを使って利用します。 やりたいこと …
データの解析方法 新しいMiFishパイプライン PMiFish v2.4 2020年12月31日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA PMiFish pipiline v2.4.1 Miya et al. 2020で使用されたASV法を採用した新しいMiFishパイ …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part4 2020年12月31日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part3 2020年12月20日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part2 2020年10月14日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
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