データの解析方法 Qiime2とBLAST+を用いた環境DNAのデータ解析 2023年1月11日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA QIIME2はアンプリコンシーケンスのデータ解析を中心に現在もサポートが続いているデータ解析パイプラインです。またQIIME2と聞くと菌叢 …
論文 水棲昆虫のDNAメタバーコーディング用プライマーセットの開発 2022年1月22日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 水生昆虫のDNAメタバーディングのための新規PCRプライマーセットの開発といくつかの隠蔽種の発見Development of novel …
データの解析方法 新しいMiFishパイプライン PMiFish v2.4 2020年12月31日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA PMiFish pipiline v2.4.1 Miya et al. 2020で使用されたASV法を採用した新しいMiFishパイ …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part4 2020年12月31日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part3 2020年12月20日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part2 2020年10月14日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文の …
環境DNA分析 MiFishプライマーに関するレビュー論文 Part1 2020年10月14日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 魚類の環境DNAをメタバーコーディングするためのユニバーサルプライマー(MiFish : マイフィッシュ)の開発者本人によるレビュー論文で …
環境DNA使った調査・実験 メタバーコーディングプライマー 2020年9月9日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 環境DNAで使われているメタバーコーディングプライマーを中心にまとめました。基本的にMi ~と名の付くプライマーはMiseqの150PEで解読できるようになっているそうです。 …
便利ツール “環境DNA分析技術を用いた淡水魚類調査手法の手引き” について 2020年6月30日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 環境省生物多様性センターより淡水魚を対象とした環境DNA分析を利用する際の注意点などをまとめた調査手法の手引きが発表されました。 環 …
環境DNAの注意点 止水域での混ぜた場合と個別にサンプリングした場合の検出パターンの違い 2020年5月17日 しばた https://edna-blog.com/wp-content/uploads/2020/03/img_6620-scaled.jpg はじめての環境DNA 採水の仕方は皆さんとても迷うところだと思います。やっぱり野外で同じ環境はないので、方法を一般化するのはとても難しいです。 なので、論 …
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